Antes, las ediciones de coleccionista daban la sensación de ser algo puntual, un producto difícil de conseguir, al alcance de unos pocos y al igual que hoy en día, un fruto de deseo para muchos. Actualmente comienzan a ser algo bastante habitual. De hecho ya no sorprende que ante el lanzamiento de un título con cierto renombre, nos encontremos con hasta dos o tres ediciones diferentes, sin contar por supuesto la estándar.

Namco-Bandai ha mostrado las dos ediciones especiales para Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 3, Will of Fire Edition y True Despair Edition. Las dos ediciones estarán disponibles para Xbox 360 y PlayStation 3.

Will of Fire Edition incluye: un póster doble, la BSO del juego, un traje descargable de Son Goku de Dragon Ball, una carta coleccionable y una figura de 16 cm de Naruto.

True Despair Edition incluye una figura de Sasuke y el resto de elementos citados en la anterior versión.